Duża część prac badawczych prowadzona jest w Instytucie Informatyki UJ we współpracy międzynarodowej z wieloma instytucjami naukowo-badawczymi na całym świecie. Między innymi pracownicy Instytutu współpracują z:
Centre for Artificial Vision Research, Seoul (Korea) współpracuje: I. Podolak;
Concordia University (Kanada) współpracuje: M. Jabłoński;
Department of Mathematics, National Technical University, Ateny (Grecja) współpracują: Z. Denkowski, S. Migórski, L. Gasiński;
Dipartimento di Matematica, Universita di Pisa (Włochy) współpracują: Z. Denkowski, S. Migórski, J. Traple;
Dipartimento di Matematica ed Informatica, Universita di Udine (Włochy) współpracują: S. Migórski, M. Mrozek;
Dipartimento di Matematica, Politecnico di Milano, Milano (Włochy) współpracuje: S. Migórski;
Ecole Polytechnique, Paris (Francja) współpracuje: A. Ochal;
Georgia Institute of Technology, Atlanta, GA (USA) współpracuje: M. Mrozek;
International School for Advanced Studies (SISSA), Trieste (Włochy) współpracuje: Z. Denkowski;
Laboratoire Mathematiques pour l'Industrie et la Physique, Univeriste Paul Sabatier, Toulouse (Francja) współpracują: Z. Denkowski, S. Migórski;
Mathematisches Institut und Institut fur Angewandte Mathematik, Erlangen (Niemcy) współpracuje: P. Bugiel;
Mathematisches Institut, Jena (Niemcy) współpracuje: P. Bugiel;
Scuola Normale Superiore di Pisa (Włochy) współpracują: Z. Denkowski, S. Migórski, J. Traple;
Universite Angers (Francja) współpracuje: Z. Denkowski;
Universite Paris VI (Francja) współpracują: Z. Denkowski, W. Foryś;
Universitat Erlangen, Institute of Computer Science, Erlangen (Niemcy) współpracuje: W. Foryś;
Universite de Sherbrooke, Quebec (Kanada) współpracuje: M. Mrozek;